پرورش‫یافتۀ حوزه است و برای ادامه تحصیل‫اش به آمریکا رفته است. از دانشگاه تمپل فوق‫لیسانس تاریخ تمدن اسلامی دارد. محمد ثقفی قبل از انقلاب از طرف مؤسسۀ علمی دارالتبلیغ اسلامی که حکم دانشگاه اسلامی را داشت به خارج از ایران، کشور آمریکا رفت و در فیلادلفیا در رشتۀ تطبیق ادیان و جامعه‌شناسی دینی به ادامۀ تحصیل پرداخت. مشغول گذراندن دروس دکترا بود که انقلاب ایران پیروز شد و به گفتۀ خودش به خاطر فعالیت‫های سیاسی و اسلامی ویزای تحصیلی‌اش لغو شد و ناچار به ایران آمد. او در ایران آنچه را نیمه‫تمام نهاده بود ادامه داد. با دکترثقفی دربارۀ جامعه‫شناسی ایران و پدیدۀ ح. ا. تنهایی صحبت کردیم و پرسش‫هایی را در این زمینه با او در میان نهادیم. ثقفی می‫گوید مدت‫هاست که با دکتر تنهایی رفیق است و به‫همین خاطر حرف‫هایش دربارۀ او شنیدنی است.